O Pequeno Príncipe mantém, desde 1991, um programa pioneiro de humanização do atendimento, o Família Participante, que viabiliza a presença qualificada de um acompanhante ao lado da criança encaminhada pelo SUS, durante todo o período de internação, garantindo um direito legal e fortalecendo o núcleo familiar. É responsável pela redução em mais de 50% no tempo de internação, cerca de 20% nos índices de infecção hospitalar e pela extinção dos casos de depressão infantil provocados pela hospitalização. O programa, precursor e complementar à política pública de saúde, está sistematizado e já é utilizado em outros hospitais brasileiros. Conquistou diversos prêmios, entre os quais o Criança 2002, da Fundação Abrinq pelos Direitos da Criança e do Adolescente.
Em 2005, o Família Participante recebeu apoio financeiro de diversas empresas que utilizaram o mecanismo da renúncia fiscal para destinar parte do seu imposto de renda ao programa. Com estes recursos, o Família Participante foi revitalizado e ampliado. O projeto está inscrito no Conselho Municipal dos Direitos da Criança e do Adolescente (Comtiba), podendo receber novas doações do imposto de renda de pessoas físicas e jurídicas.